Ключевым звеном аппарата секретариата Международного мусульманского форума является экспертно-аналитический центр. Данный центр призван выполнять целый ряд важнейших задач, связанных как с развитием самой организации, так и с осуществлением научно-просветительских проектов ММФ по интеллектуализации мировой мусульманской общины, объективному и глубокому освещению наиболее острых региональных и общемусульманских проблем и конфликтов с целью выработки оптимальных путей их решения. К работе в экспертно-аналитическом центре планируется привлекать специалистов-политологов по ключевым регионам мусульманского мира, а также экспертов в более общих научных и прикладных дисциплинах.

Труды экспертно-аналитического центра ММФ будут издаваться в рамках отдельных научных проектов, размещаться на официальном сайте организации, а также в официальном ежеквартальном издании ММФ «Альманах Международного мусульманского форума».