Ключевым звеном аппарата секретариата Международного мусульманского форума является экспертно-аналитический центр. Данный центр призван выполнять целый ряд важнейших задач, связанных как с развитием самой организации, так и с осуществлением научно-просветительских проектов ММФ по интеллектуализации мировой мусульманской общины, объективному и глубокому освещению наиболее острых региональных и общемусульманских проблем и конфликтов с целью выработки оптимальных путей их решения.

«Альманах Международного мусульманского форума» - официальное аналитическое издание ММФ.«Альманах Международного мусульманского форума» планируется издавать четыре раза в год. Статьи будут представлены на русском и английском языках.

Для выполнения задач по распространению печатных и виртуальных продуктов, подготавливаемых различными структурами Международного мусульманского форума, в среде представителей всей мусульманской уммы Секретариат организации сформировал Центр переводов и исследований.

Обеспечение зашиты прав мусульман по всему миру является одним из основных направлений деятельности организации Международный мусульманский форум. С этой целью в рамках аппарата секретариата ММФ формируется Правозащитный центр. Крайне важно, что деятельность Правозащитного центра ММФ не будет сводиться к простому освещению обозначенной проблемы – перед его экспертами стоит задача формулировать пути решения вопроса о соблюдении прав мусульман как в целом, так и в отдельно взятых случаях.

Важнейшим направлением деятельности Международного мусульманского форума является просвещение всех представителей мировой уммы посредством их ознакомления с трудами виднейших мусульманских мыслителей и религиозных деятелей как современной эпохи, так и прошлого. Именно с этой целью члены организационного комитета прошедшего в Москве с 9 по 12 декабря 2014 г. X Международного мусульманского форума приняли решение о запуске издания международного мультиязычного ежеквартального журнала исламской религиозно-философской и общественно-политической мысли «Минарет Ислама».

С целью поощрения деятельности за выдающийся вклад в развитие современной уммы в рамках организации Международный мусульманский форум планируется учредить специальную Премию имени Исмаила Гаспринского. Премия будет присуждаться на конкурсной основе современным деятелям мусульманского мира в сфере управления, государственной и общественной работы, благотворительности, науки, культуры, богословия и образования.